安徽省医学科学研究院（以下简称“省医科院”）前身为安徽省医学科学研究所，始建于1959年,正处级公益一类事业单位，是集医学科研、教学、科技服务等功能为一体的省级公益性综合医学科研机构。2007年经省编委批准更名为安徽省医学科学研究院。2022年11月，经省卫生健康委党组研究，省医学科学研究院由安徽第二医学院（原安徽医学高等专科学校）托管。

主要工作任务是承担全省基础医学和应用医学研究工作，同时积极推进科研成果产业化，对外提供有效的科技服务。设有5个专业医学研究所（中药研究所、药理毒理研究所、微生物研究所、预防医学研究所、临床医学研究所），3个科技服务中心（安徽省实验动物质量监督检测中心、安徽省卫生技术评估中心、医药卫生检验检测中心）。安徽省医学伦理专家委员会秘书处、安徽省卫生健康委科教管理办公室挂靠在省医科院。

拥有国家中医药管理局“中药化学”三级实验室，安徽省联合共建学科重点实验室，安徽省医疗卫生重点专科“病原微生物实验室”和“微生物与消毒学实验室”、重点培育专科“分子流行病学实验室”，屏障环境和普通环境动物实验室，P2生物安全实验室。获批国家自然科学基金依托单位，安徽省第十五批博士后科研工作站。

具备国家保健食品注册检验机构、安徽省食品检验检测机构资质，取得的实验室检验检测资质项目包含实验动物、消毒产品、一次性卫生用品、药品、药包材、保健食品、纯化水、洁净室等8个类别。